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La sua attuale veste barocca, voluta dall’arcivescovo Michele Bologna al principio del Settecento, ha cancellato quasi del tutto il primitivo impianto romanico.
I marmi policromi, il ricco soffitto a cassettoni, con grandi tele incorporate che esaltano la figura dell’Apostolo Andrea, offrono uno spettacolo che affascina e riempie lo spirito.
Le quattro grandi tele della volta nella navata centrale furono eseguite nei primi anni del ‘700 da Andrea D’Aste, epigono di Francesco Solimena e rappresentano scene tratte dalla vita del santo: la Flagellazione, la Crocifissione, il Miracolo della Manna, e la Deposizione nel sepolcro. Dello stesso autore è la tela con la Crocifissione di sant’Andrea collocata sull’altare maggiore. La realizzazione delle due tele del transetto, in cui figurano le scene della Vocazione e della Pesca miracolosa fu invece affidata, negli stessi anni, al pittore napoletano Giuseppe Castellano.
Al centro dell’area liturgica, figura il nuovo altare conciliare, per la cui realizzazione è stato impiegato il sarcofago marmoreo dell’Arcivescovo Pietro Capuano, risalente al XIV secolo, ai cui lati sono collocati due candelabri costituiti da colonne tortili impreziosite da mosaici duecenteschi. In prossimità dell’abside maggiore vennero collocati nel Seicento due pulpiti marmorei riutilizzando alcune lastre mosaicate degli antichi amboni.
La cappella settecentesca del coro dei canonici, in fondo alla navata destra, adattata a lipsanoteca, conserva un considerevole numero di sculture-reliquiario di XVII e XVIII secolo. Di particolare interesse sono le due cappelle all’ingresso della chiesa: quella a destra è occupata dall’elegante ancona marmorea con i raffinatissimi rilievi a ‘stiacciato’ e con le belle statue di san Giovanni Battista e san Giovanni Evangelista, realizzata a cavallo tra la fine del XV e gli inizi del XVI secolo, e quella della navata sinistra, interamente affrescata nel XVIII secolo, che contiene una grande vasca in porfido rosso egiziano, proveniente da Paestum, da tempo riutilizzata come fonte battesimale.Al di sopra della porta di ingresso della navata sinistra, è collocata una grande tela che ricorda il miracolo attribuito all’intervento dei santi Andrea e Matteo, che provocarono un ‘improvvisa mareggiata mettendo in fuga e affondando le navi del pirata Ariadeno Barbarossa, che aveva assalito Amalfi e Salerno.Da allora il 27 giugno è festa in Amalfi. Nelle nicchie laterali si conservano un busto reliquiario di sant’Andrea in argento e rame cesellato del XVII secolo e il catafalco con Gesù morto che la sera del Venerdì Santo viene portato in suggestiva processione.